Existem várias alterações congênitas que, ao originarem uma insuficiência na atividade do sistema imunitário, provocam a diminuição das defesas orgânicas e uma predisposição para o aparecimento de constantes infecções, as quais podem colocar a vida do paciente em perigo.

Estas patologias são provocadas por uma alteração genética que proporciona uma insuficiência qualitativa ou quantitativa de algum dos vários componentes do sistema imunitário. São doenças pouco frequentes, embora constituam um grupo muito diverso, com padrões hereditários distintos, consoante cada caso específico.

A alteração genética provoca, na maioria dos casos, uma insuficiência num dos elementos do sistema imunitário encarregues da resposta humoral, que tanto se pode tratar de uma linfopenia dos linfócitos B, Como de uma insuficiência no funcionamento dos mesmos. Esta situação de termina uma produção escassa de um ou vários tipos de anticorpos, denominada hipogamaglobulinemia, ou a total ausência dos mesmos, designada agamaglobulinemia.

As crianças afetadas por uma síndrome de imunodeficiência primária não costumam ser constituídas por um sistema defensivo que consiga desempenhar adequadamente as suas funções. De fato, pode-se deduzir que estas crianças apresentam uma evidente sensibilidade para serem afetadas por todo o tipo de infecções, já que se encontram expostas ao ataque de inúmeros microorganismos (vírus, bactérias, protozoários, fungos), face aos quais o sistema imunitário, em condições normais, reage eficazmente e impede o desenvolvimento de doenças ou consegue controlá-las após um certo período de tempo de evolução. Em suma, os indivíduos afetados sucumbem com alguma facilidade à ação dos microorganismos patogênicos e até à dos microorganismos que, em pessoas imunocompetentes, não provocam doenças (infecções oportunistas). Para, além disso, nestes casos as afecções infecciosas costumam ter uma evolução mais grave do que nas pessoas com um sistema imunitário eficaz.

O tratamento das síndromes da imunodeficiência primária compreende várias fases, algumas comuns às várias formas do problema e outras diferentes, de acordo com o tipo de problema.

Por um lado, é extremamente importante combater de forma precoce e o mais eficazmente possível toda a infecção que afete o paciente, através da utilização de medicamentos antibióticos, antifúngicos ou antivirais, consoante o microorganismo causador. Em condições normais, não se costuma utilizar antibióticos de largo espectro, optando-se pela utilização do mais específico em cada caso, após se isolar e identificar o microorganismo causador.
Por outro lado, como a prevenção do padecimento de infecções é extremamente importante, sobretudo quando a resposta imunitária é muito ineficaz, deve-se manter o indivíduo afectado num recinto estéril, de modo a evitar a sua exposição a qualquer tipo de microorganismos. Quando o problema consiste numa insuficiência da produção de anticorpos, deve-se recorrer à administração de gamaglobulinas, um tratamento que deve ser contínuo para se manter constantemente um nível suficiente de anticorpos que consigam evitar o desenvolvimento das infecções mais comuns.

Por último, o principal tratamento de diversas imunodeficiências consiste no transplante de medula óssea, através do qual o organismo da pessoa afetada começa a produzir os elementos imunitários em défice - na maioria dos casos, proporciona a cura total do problema.